Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.8 ms