Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms