Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms