Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms