Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.8 ms