Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
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