Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
HOXD3P31249 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms