Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMCH1Q9UPQ0 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms