Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HDAC4P56524 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HDAC4P56524 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
HDAC4P56524 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms