Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX2P35548 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX2P35548 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX2P35548 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX2P35548 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX2P35548 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX2P35548 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX2P35548 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX2P35548 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX2P35548 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX2P35548 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX2P35548 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX2P35548 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX2P35548 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSX2P35548 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSX2P35548 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSX2P35548 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSX2P35548 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSX2P35548 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX2P35548 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX2P35548 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX2P35548 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX2P35548 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX2P35548 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX2P35548 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX2P35548 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX2P35548 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX2P35548 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX2P35548 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX2P35548 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX2P35548 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms