Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL6A3P12111 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL6A3P12111 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms