Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TCOF1Q13428 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
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