Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL6A1P12109 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms