Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms