Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms