Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP39Q53GS9 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP39Q53GS9 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP39Q53GS9 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP39Q53GS9 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP39Q53GS9 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP39Q53GS9 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms