Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
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