Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms