Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC42Q96M95 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC42Q96M95 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms