Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
LIG1P18858 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
LIG1P18858 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIG1P18858 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIG1P18858 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms