Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms