Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms