Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms