Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NPHP3Q7Z494 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NPHP3Q7Z494 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms