Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SOX4Q06945 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms