Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms