Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CLN3Q13286 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC15.71■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
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