Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms