Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms