Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
BRPF3Q9ULD4 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
BRPF3Q9ULD4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms