Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NPHP3Q7Z494 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms