Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIM2P55344 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIM2P55344 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms