Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC13.08□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms