Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms