Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms