Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms