Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms