Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms