Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms