Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF2-209ENST00000481049 635 ntTSL 524.34■■□□□ 1.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GALNT1-206ENST00000591924 542 ntTSL 324.3■■□□□ 1.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM6-203ENST00000503982 820 ntTSL 224.25■■□□□ 1.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-213ENST00000425401 281 ntTSL 1 (best)24.21■■□□□ 1.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BYSL-203ENST00000475702 670 ntTSL 224.19■■□□□ 1.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-204ENST00000428005 1572 ntTSL 1 (best)24.16■■□□□ 1.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMTOR5-205ENST00000531779 569 ntTSL 224.14■■□□□ 1.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-216ENST00000542782 682 ntTSL 224.03■■□□□ 1.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS16-201ENST00000380443 1825 ntTSL 1 (best)23.98■■□□□ 1.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC28-204ENST00000468807 594 ntTSL 223.97■■□□□ 1.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UVSSA-205ENST00000507422 670 ntTSL 323.97■■□□□ 1.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID4A-207ENST00000431612 697 ntTSL 1 (best)23.9■■□□□ 1.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C11orf95-201ENST00000338498 723 ntTSL 1 (best)23.86■■□□□ 1.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GSTM4-212ENST00000495742 1159 ntTSL 1 (best)23.79■■□□□ 1.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND5B-205ENST00000544698 643 ntTSL 323.78■■□□□ 1.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP40-215ENST00000484528 933 ntTSL 223.75■■□□□ 1.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GSTM4-205ENST00000461767 804 ntTSL 223.71■■□□□ 1.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNKS1BP1-205ENST00000530920 957 ntTSL 323.71■■□□□ 1.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TEX261-204ENST00000473055 461 ntTSL 323.61■■□□□ 1.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GSTM4-208ENST00000479578 646 ntTSL 223.59■■□□□ 1.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.368e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP19-214ENST00000488993 1116 ntTSL 523.48■■□□□ 1.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TES-204ENST00000455989 577 ntTSL 323.46■■□□□ 1.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-211ENST00000477768 500 ntTSL 423.43■■□□□ 1.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-203ENST00000426198 885 ntTSL 223.43■■□□□ 1.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.341e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.331e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.37■■□□□ 1.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SACM1L-209ENST00000463347 854 ntTSL 223.37■■□□□ 1.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-202ENST00000392599 828 ntTSL 323.34■■□□□ 1.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-219ENST00000521964 565 ntTSL 223.33■■□□□ 1.321e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.321e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 IFNGR2-205ENST00000439213 906 ntTSL 523.28■■□□□ 1.324e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-211ENST00000483199 1042 ntTSL 323.26■■□□□ 1.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BYSL-205ENST00000494032 572 ntTSL 223.21■■□□□ 1.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VILL-206ENST00000463080 831 ntTSL 523.16■■□□□ 1.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENOX2-206ENST00000492263 819 ntTSL 323.15■■□□□ 1.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QPCTL-203ENST00000591606 561 ntTSL 323.08■■□□□ 1.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FYN-219ENST00000518295 1012 ntTSL 523.06■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-210ENST00000429135 547 ntTSL 423.06■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-216ENST00000568331 557 ntTSL 423.02■■□□□ 1.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EME2-201ENST00000561564 480 ntTSL 322.99■■□□□ 1.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENOX2-205ENST00000432489 1515 ntTSL 1 (best)22.98■■□□□ 1.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RBM19-205ENST00000552384 588 ntTSL 322.87■■□□□ 1.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-203ENST00000518310 569 ntTSL 422.86■■□□□ 1.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-204ENST00000526296 964 ntTSL 322.85■■□□□ 1.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HYOU1-214ENST00000534233 711 ntTSL 222.82■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL7B-205ENST00000454871 887 ntTSL 222.82■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TWF2-202ENST00000472755 584 ntTSL 222.81■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-208ENST00000495581 911 ntTSL 222.8■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-210ENST00000537557 578 ntTSL 322.78■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-208ENST00000532970 2572 ntTSL 522.77■■□□□ 1.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FDX2-203ENST00000453681 635 ntTSL 222.75■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTYH3-207ENST00000498454 587 ntTSL 222.75■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID5A-204ENST00000467498 940 ntTSL 222.73■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-205ENST00000519704 563 ntTSL 422.7■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM136A-203ENST00000438759 518 ntTSL 322.7■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM136A-204ENST00000450256 936 ntTSL 222.69■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AP1G1-220ENST00000570017 814 ntTSL 422.69■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF13B-204ENST00000523130 1267 ntTSL 522.68■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNTTIP1-205ENST00000456939 1073 ntTSL 522.65■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXW4-204ENST00000482428 404 ntTSL 522.57■■□□□ 1.28e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1259.7 ms