Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SF3A1Q15459 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SF3A1Q15459 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SF3A1Q15459 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SF3A1Q15459 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SF3A1Q15459 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SF3A1Q15459 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SF3A1Q15459 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SF3A1Q15459 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SF3A1Q15459 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SF3A1Q15459 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SF3A1Q15459 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.54■■■□□ 2
SF3A1Q15459 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SF3A1Q15459 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SF3A1Q15459 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
SF3A1Q15459 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SF3A1Q15459 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SF3A1Q15459 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SF3A1Q15459 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SF3A1Q15459 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
SF3A1Q15459 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SF3A1Q15459 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SF3A1Q15459 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SF3A1Q15459 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
SF3A1Q15459 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SF3A1Q15459 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms