Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG3P49916 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG3P49916 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG3P49916 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG3P49916 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG3P49916 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG3P49916 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG3P49916 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIG3P49916 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG3P49916 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG3P49916 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG3P49916 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG3P49916 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG3P49916 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG3P49916 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG3P49916 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG3P49916 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG3P49916 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIG3P49916 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIG3P49916 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIG3P49916 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIG3P49916 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIG3P49916 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIG3P49916 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIG3P49916 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIG3P49916 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIG3P49916 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIG3P49916 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIG3P49916 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIG3P49916 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIG3P49916 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIG3P49916 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIG3P49916 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIG3P49916 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIG3P49916 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIG3P49916 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIG3P49916 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIG3P49916 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIG3P49916 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIG3P49916 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIG3P49916 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIG3P49916 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIG3P49916 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
LIG3P49916 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
LIG3P49916 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIG3P49916 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIG3P49916 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIG3P49916 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIG3P49916 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIG3P49916 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIG3P49916 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIG3P49916 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
LIG3P49916 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIG3P49916 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIG3P49916 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIG3P49916 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIG3P49916 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG3P49916 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms