Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
HOXC9P31274 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC32.29■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC32.27■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
HOXC9P31274 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC32.26■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXC9P31274 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.21■■■□□ 2.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms