Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.4 ms