Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms