Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms