Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms