Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 NAT9-224ENST00000583757 583 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SPTA1P02549 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms