Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms