Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms